С момента открытия ПСТБИ в 1992г. Н.Е. Емельянов, с самого начала бывший в числе инициаторов его создания, заведывал кафедрой информатики и руководил разработкой электронной базы данных "За Христа пострадавшие" и базы данных памятников восточно-христианского искусства. В дальнейшем база "За Христа пострадавшие", в течение 17 лет пополнявшаяся на кафедре Информатики под руководством и с непосредственным участием Николая Евгеньевича, стала крупнейшим информационным ресурсом по истории гонений на Русскую Православную Церковь, к которому постоянно обращаются тысячи людей со всех концов мира. Можно сказать, что тема гонений и изучение подвига новомучеников и исповедников Российских стали главным делом для Николая Евгеньевича в последний период его жизни.

С момента основания в 1990г. Братства во Имя Всемилостивого Спаса Николай Евгеньевич был его безсменным председателем. За активную работу Братства с Православной молодежью им была получена премия "Обретенное поколение". Он был награжден Патриаршими наградами: орденом Русской Православной Церкви святого благов. князя Даниила Московского 2-й степени, медалью и орденом преп. Сергия Радонежского 3-й степени. Ни одно большое начинание в жизни Богословского института, потом - Свято-Тихоновского университета, Спасского братства, прихода Николо-Кузнецкого храма не проходило без активного участия Николая Евгеньевича и членов его большой семьи. Всегда мирный, скромный и смиренный, готовый всем помочь, любящий Бога, Церковь и ближних, он был в центре жизни церковной общины.

Протоиерей Владимир Воробьев, ректор ПСТГУ, настоятель храма Николы в Кузнецах.
Кончилась жизнь Николая Евгеньевича Емельянова. Трудно сказать что-то лучшее, чем сказано в службе отпевания, где в 1-м тропаре поминаются мученики, которые молят Христа об усопшем. Действительно, Николай Евгеньевич так много потрудился для Бога и для Церкви, и так много страдал, что ему уготовано место вечного упокоения.

Сегодня вспоминается, что в свой последний день Ангела (19 декабря, память Николая Угодника) Николай Евгеньевич рассказывал, как они вместе с будущим прот. Владиславом Вешниковым поехали к отцу Иоанну (Крестьянкину). Одного из них старец благословил на священство, а другому сказал: "А вы, Николай Евгеньевич, воспитывайте пока свою семью". Николай Евгеньевич, без тени разчарования, всю свою жизнь воспитывал свою семью. И в этот последний День Ангела, уже незадолго до своей кончины, он сказал: "Вот,я воспитал..."

Профессор Андрей Борисович Ефимов.
Всю жизнь Николай Евгеньевич работал, не жалея себя. В его воспитании, прежде всего в отношении к сыновьям, был один простой принцип, который он так формулировал: "Как я не люблю, когда здоровые мужики начинают себя жалеть". Он не жалел, прежде всего, себя. Это его служение Богу, служение Церкви, служение родине, служение науки, служение семье - сочеталось гармонично. Это, безжалостное к себе, самоотверженное служение и дало те плоды, которые так для всех очевидны.

У Николая Евгеньевича удивительная семья. У него шестеро детей - три сына и три дочери. Все сыновья - священники, одна дочка - матушка, 29 внуков, все находятся в Церкви, все очень дружные.

Николай Евгеньевич со 2 января 2010 года лежал в 5-й градской больнице, в реанимации. Его жена и дети устроили дежурство, рядом с ним постоянно был кто-то из его детей, а Оксана Васильевна была там круглосуточно. Они по очереди сидели, читали Евангелие (до воскресенья прочитали все Евангелие), каждый день причищали его. До субботы он был в сознании, потом - без сознания.