O.Iakov bil arestovan organami NKVD vmeste s sinom, v to vremya diakonom, o.Pavlom, po lozhnomu donosu. Obvinenie bilo vidvinuto protiv nih na tom osnovanii, chto pri obiske nashli listi so slovami izvestnogo v to vremya duhovnogo kanta "Rokovoj XX vek", kotorij veruyuschie perepisivali i peredavali iz ruk v ruki.
O.Iakov umer v tyur'me g.Samari. Izvestie o ego smerti prishlo ego sinu, o.Pavlu, 29.05.1932g. Ni prichin smerti, ni mesta zahoroneniya ukazano ne bilo. O.Pavel otsluzhil obednyu i panihidu ob umershem roditele.