Год поступления1879 Месяц поступления5 Год окончания1884 действительный студент
В мае 1879г. Иван Арсеньев успешно сдал вступительные экзамены в Московскую
Духовную Семинарию и был принят сразу во второй класс.
В начале 20 века в России происходил отход части интеллигенции от Церкви.
Ректор семинарии протоиерей Николай Благоразумов в своем слове на молебне
перед началом учебного года выразил уверенность (имея в виду Арсеньева): "Светский человек, избравший для себя пастырскую карьеру, лучше всего может послужить сближению интеллигенции с Церковью".
Эти слова были восприняты Арсеньевым как наставление на путь священнического
служения: привлекать к церкви тех, кто от нее удалился.
В Семинарии Иван Арсеньев близко сдружился с одноклассниками, которые впоследствии
находились не на последних ролях в церковной жизни России: С.В.Страховым (настоятелем
Троицкой в Вишняках церкви и духовным писателем), А.С.Парусниковым (настоятелем
Климентовской на Пятницкой церкви), П.В.Гурьевым (управляющим канцелярией Св.Синода,
членом Соборного Совета), А.В.Зверевым (преподавателем Московской, а затем Вифанской
семинарии), А.Н.Соловьевым (главным справщиком синодальной типографии),
и С.С.Никольским (адвокатом).
Когда Иван Арсеньев переходил из пятого в шестой класс, он в виде исключения вместе
с четыремя другими лучшими учениками семинарии, в числе которых были и его
друзья Страхов, Соловьев и Парусников, был посвящен в стихарь.
После этого стал выступать в различных храмах Москвы с проповедями.
Ивана Арсеньева заинтересовала история церковного раскола. Для полемики
со старообрядцами, еще будучи семинаристом, он написал книжку
"О равночестном почитании св.Креста четвероконечного и осьмиконечного",
вышедшую в свет в 1883г. в типографии Московского университета.
Эта книга получила положительный отзыв от архимандрита Павла (Прусского),
настоятеля московского Никольского единоверческого монастыря.
Летом 1884г. Иван Арсеньев с отличием закончил семинарию.
Семинарское начальство наметило послать его, в числе отличившихся,
для дальнейшего обучения в Московскую Духовную Академию на казенный счет.
Перед последним экзаменом Иван Арсеньев вновь заболел воспалением легких и,
по настоянию врачей, вынужден был отказаться от поступления в Московскую Духовную
Академию.
Болезнь протекала тяжело и своим выздоровлением, как считал сам Иван Арсеньев,
он был обязан молитвам св.Иоанна Кронштадтского: "Сначала о.Иоанн прочитал надо мной Евангелие об исцелении слуги сотника и когда дошел до слов Спасителя: "Аз пришел исцелить его!", то повторил их с особенной силою три раза. Затем он стал читать некоторые молитвы из чина елеосвящения и из других чинов, после чего благословил меня и сказал моим родителям..."Он будет здоров!". Мы были все так обрадованы и утешены, что посещение отца Иоанна пришлось вскоре после того, как я причастился Святых Христовых Таин. С этого времени мне стало гораздо лучше, так что вскоре наступил и кризис".
По выздоровлении Иван Арсеньев вместе с матерью и сестрами Надеждой и Марией
выехал за границу.
Осень, зиму и весну они провели в Висбадене.
Затем около месяца прожили в Крейцнахе.
В июне 1885г. они возвратились на родину.
Юношеские впечатления от знакомства с западной цивилизацией, религией и культурой
во время поездок за границу в Западную Европу, во многом предопределили
дальнейшие направления его научной деятельности как историка западных вероучений
и способствовали формированию у него "идеи сближения разных христианских
вероисповеданий"