Служение
Москва, храм св.Великомученицы Екатерины при Екатерининском институте благородных девиц 
иерей 
Должность настоятель (с 06.09.1894г.), законоучитель 
Год начала 1894 
День начала 30 
Месяц начала 7 
Год окончания 1911 
В 1894г. о.Иоанну было предложено занять должность законоучителя в Екатерининском женском
институте благородных девиц, где предоставлялось казенное жилье, и он
с радостью согласился.
С 30 июля 1894г. он был назначен на должность законоучителя.
6 сентября 1894г. о.Иоанн был поставлен настоятелем Екатерининской церкви.
23 сентября 1894г. у Арсеньевых родился сын Сергей.
Должность настоятеля и законоучителя требовали много времени и сил.
Несмотря на это, о.Иоанн не оставлял занятия наукой.
О.Арсеньев много писал и сотрудничал в журналах.
В 1897–1898гг. были изданы подготовленные им:
  "Курс православного богословия (основного и догматического) для Педагогического
   класса (для первого его отделения) Московского училища ордена св.Екатерины",
  "Лекции по нравственному богословию для старшего отделения Педагогических курсов
   Московского училища ордена св.Екатерины".

Его выступления на публичных богословских чтениях печатались в журналах
"Московские церковные ведомости", "Богословский вестник", "Вера и Церковь",
а также выходили отдельными брошюрами.
В апреле 1897г. о.Иоанн успешно защитил в Московской Духовной Академии магистерскую
диссертацию:
  "Ультрамонтанское движение в XIX столетии, до Ватиканского собора (1869–1970)
   включительно".

С 1899г. о.Иоанн состоял членом московского Епархиального училищного Совета.
Особо важной была деятельность о.Иоанна на посту товарища председателя
Обществе любителей духовного просвещения (ОЛДП).
В 1905г. во главе ОЛДП утвердились представители либерального духовенства,
открыто выступившие в программой "церковного обновления".
Лишь после избрания 14 ноября 1908г. председателем ОЛДП протоиерея Николая
Извекова и его помощником — протоиерея о.Иоанна Арсеньева ОЛДП вернулось
к прежней просветительской деятельности.
(На этом посту о.Иоанн находился до 30 марта 1917г., когда на экстренном
заседании ОЛДП, так же, как и о.Николай Извеков, он отказался от занимаемой
должности)

Награды
золотой наперсный крест 
Год награждения 1904