Осуждения
Особое Совещание при МГБ СССР 
12/11/1949 
Обвинение "антисоветская агитация с амвона церкви и в беседах с верующими" 
Приговор 10 лет ИТЛ 
Допросы о.Рафаила начались сразу же после ареста.
Виновным в предъявленных ему ложных обвинениях — в антисоветской агитации,
распространении клеветнических провокационных слухов и т.д. он себя не признал.
Из протокола допроса:

 "— Следствием установлен ряд фактов антисоветской работы, проводимой вами:
    вы, обращаясь к верующим за денежной помощью, клеветали на мероприятия
    коммунистической партии и советского правительства. Так ведь было?

  — Весной 1949 года я обращался к верующим и говорил, что на нас, священников,
    наложен налог непосильный, который мы не в состоянии уплатить из тех доходов,
    которые имеем. Если не сократят эти налоги, то, возможно, придется
    отказаться от службы. Я-то один, а у отца Сергия все-таки семья.
    Церковный совет должен помочь нам, так как ему известно, что у нас доходы
    не такие, как об этом доносят в районный финансовый отдел...

  — Следствию известно, что вы в одной из своих проповедей о древних философах
    утверждали, что в настоящее время нет таких талантливых ученых, какие были
    раньше. Отсутствие талантливых ученых в настоящее время вы объясняли тем
    обстоятельством, что сейчас ученые не верят в Бога. Это было?

  — Я говорил в проповеди о Василии Великом, Иоанне Златоусте и Григории Богослове.
    Все трое были дети знатных и богатых родителей. Получили в то время
    классическое высшее образование... Несмотря на свой знатный род, богатство,
    славу и любовь окружающих, они проводили высоконравственную,
    целомудренную жизнь, не предавались языческим игрищам и разврату.
    Они, по их словам, знали только две дороги: одну дорогу в храм, а другую
    в училище.
    Закончив образование, они вступили на путь служения Богу, несмотря на то,
    что им открывалась широкая дорога по светской карьере.
    Поэтому они явились великими светильниками веры Христовой, имя их будет
    чтиться во все века до скончания мира...
    Обращаясь к верующим, я говорил, что возвела этих святых на высоту
    духовную благочестивая жизнь их семей, высоконравственная и целомудренная.
    Я призывал родителей, чтобы они служили примером для своих детей,
    как родители Василия Великого, Иоанна Златоуста и Григория Богослова.
    Я утверждаю, что с моей стороны не делалось никаких сравнений с советской
    действительностью, с советскими учеными тех ученых, о которых я говорил
    в проповедях...".

После допросов свидетелей были проведены очные ставки с ними о.Рафаила:

 "— В сентябре 1948г. Шейченко рассказывал о мученицах Вере, Надежде, Любови и
   их матери Софии; в конце своей проповеди он заявил:
          "Несмотря ни на какие мучения, ни сестры, ни мать от Христа
           не отказались, сколько их ни уговаривали и чего им ни предлагали
           в смысле материального обеспечения. А в настоящее время, какие
           вы стали христиане? — за любые пустяки откажетесь от Бога...

  — ...Я говорил проповедь о мученицах Вере, Надежде, Любови и их матери
    Софии. В конце своей проповеди я заявил, что ни сестры, ни мать от Христа
    не отказались, несмотря ни на какие мучения. Я говорил:
      "Какое было мужество, какая вера, а сейчас у нас вера оскудела, нет такого
       мужества; мы сейчас от веры откажемся за кусок хлеба и литр масла".

12 сентября 1949г. было составлено обвинительное заключение:
   "Будучи враждебно настроен к существующему в СССР общественному и
    государственному строю, с церковного амвона... и в беседах...
    проводил антисоветскую агитацию. Принимая во внимание, что Шейченко...
    среди отсталых верующих и монашеского элемента пользуется большим
    авторитетом, что во время судебного следствия по его делу может вызвать
    большое и нежелательное скопление верующих у здания суда и возможность
    провокационных разговоров... с их стороны, поэтому следственное дело...
    по обвинению Шейченко направить на рассмотрение Особого Совещания
    при МГБ СССР".

12 ноября 1949г. Особое Совещание приговорило о.Рафаила к 10 годам ИТЛ.
26 ноября ему было выписано направление в Вятлаг